Caracterización funcional de la proteina NEF del virus de la inmunodeficicienca humana (VIH)

Resumo

Se observó cierta homología de secuencia entre la proteína Nef y varias proteínas de unión al RNA. Por este hecho nos planteamos el objetivo de purificar la proteína y testar su capacidad de interaccionar con el RNA, para ello utilizamos 4 técnicas de ensayo diferentes y en todas ellas la proteína Nef interaccionaba específicamente con el RNA. Realizamos una serie de mutaciones de deleción para determinar la región de la proteína Nef implicada en la interacción. Determinamos que la región amino terminal estaba implicada en la unión. Posteriormente realizamos una serie de mutaciones puntuales en esta región y observamos que las argininas de esta región están implicadas directamente en la unión al RNA. Por lo tanto Nef interacciona con el RNA a través de un motivo rico en argininas presente en la región amino terminal de la proteína. Extendimos el estudio al resto de proteínas Nef de los restantes lentivirus de primates (VIH-2 y VIS). En ambos casos la proteína Nef interaccionaba con el RNA a través de la misma región amino terminal. El último paso el de ver por que región del genoma del VIH presentaba mayor afinidad. Para ello partimos el RNA del VIH en varias ribosondas y testamos su capacidad para interaccionar con el RNA. Determinamos que presentaba mayor afinidad por una región comprendida entre los nucleótidos 1-829 de la región 5' del genoma del VIH-1 BH10.