Dinámica evolutiva de los retrotransposones ALU en el genoma humano

Resumo

Los retrotransposones Alu son los elementos transponibles más abundantes en el genoma humano. Desde su descubrimiento, se viene proponiendo que pueden haber jugado un papel relevante en la evolución de los primates. Una característica destacada a las Alus es su distribución diferencial a lo largo de los cromosomas en función de su edad evolutiva: las Alus más jóvenes muestran una mayor densidad en regiones ricas en A+T, mientras que las más antiguas son más densas en regiones ricas en G+C. El objetivo principal de esta tesis es analizar la dinámica evolutivas las Alus en el genoma humano e identificar los principales factores implicados en la generación y mantenimiento de su distribución espacial a lo largo de los cromosomas. Para lograr este objetivo, se han implementado en primer lugar una serie de mejoras metodológicas: 1,- Desarrollo de una colección de programas en Perl para procesar los datos primeros generados por RepeatMAsker e IsoFinder. 2,- Corrección para sustituciones múltiples, aplicada aquí por primera vez a los alineamientos de Alus, con objeto de estimar con mayor precisión la edad evolutiva. 3,- Desarrollo de una técnica de desfragmentación de Alus para eliminar la habitual sobreestimación de estos elementos y aproximar mejor su número real en el genoma. 4,- Definición precisa, mediante técnicas in silico, de los trímeros de Alus y de las Alus solitarias, lo que ha permitido rastrear el genoma en busca de las huellas dejadas por la recombinación. 5,- Desarrollo de una nueva medida, independiente de la densidad, para el estudio de la clusterización de las Alus. A continuación, comprando la densidad de elementos con diferente edad evolutiva en las distintas isocoras, se descartan algunos de los mecanismos propuestos para explicar el cambio de densidad: la interacción Alu/LINE1 (competencia por la retrotransposasa), el ajuste composicional, y la selección positiva (acumulación prefere