Estudio de la microbiota asociada a almeja fina (Ruditapes decussatus) y almeja japonesa (Ruditapes philippinarum) mediante técnicas de secuenciación masiva

Resumo

El cultivo de almejas supone un recurso de alto valor gastronómico y comercial en Galicia. La importación de semilla alóctona en las rías gallegas como consecuencia de la sobreexplotación de los bancos naturales de almeja introdujo nuevos patógenos en el ambiente, provocando una reducción drástica de la producción de las principales especies de almeja en las últimas décadas. El estudio de la microbiota asociada a la almeja cultivada permite ampliar el conocimiento sobre la composición de la comunidades bacterianas, conocer su estado sanitario y describir nuevos taxones que nos ayuden a diseñar nuevas estrategias de control ante la aparición de enfermedades o frente a episodios de mortalidades. En esta memoria se ha realizado un estudio de la microbiota asociada a almeja fina y japonesa (Ruditapes decussatus y R. philippinarum) mediante la secuenciación masiva del gen ARNr 16S, comparando la microbiota presente en diferentes órganos y localizaciones en dos príodos del año (finales de invierno-principios de primavera y finales de verano-principios de otoño). Los resultados obtenidos muestran la gran diversidad de géneros presentes en ambas especies de almeja, observándose un mayor número OTUs en las muestras de primavera. Por lo general, los grupos de bacterias predominantes en la mayoría de las muestras se asignaron a bacterias no cultivables pertenecientes a diferentes familias como Propionibacteriaceae, Spirochaetaceae, Francisellaceae y Chlamidiaceae y a los géneros Mycoplasma, Methylobacterium, Psychrobacter, Endozoicomonas y Vibrio. La mayoría de estos grupos de bacterias mostraron una clara estacionalidad y especificidad de especies y/o tejido como es el caso de Methylobacterium que aparece con una abundancia relativa elevada en las gónadas de ambas especies en otoño, o el género Endozoicomonas que se detecta en las branquias de almeja fina con abundancias relativas superiores al 1%. Por otro lado, se realizó un estudio de la microbiota de almeja fina y japonesa mediante la técnica dependiente de cultivo denominada “dilución a extinción”, reduciendo la concentración de nutrientes de los medios y aumentando los tiempos de incubación. De esta forma se detectaron géneros hasta el momento no identificados mediante técnicas convencionales de cultivo en estudios anteriores, como Rahnella, Brachybacterium, Janthinobacterium o Brevudimonas. Además, en esta memoria se llevó a cabo a la descripción de dos nuevas especies pertenecientes al género Rahnella, mediante el análisis comparativo de los genomas de cinco aislados de almeja y las cepas tipo de las especies del género Rahnella.