Inferring population substructure using y chromosome haplogroups and exome data

Resumo

Los estudios en genética de poblaciones se basan en el análisis de la distribución de la variabilidad genética de los individuos vivos, caracterizando diferencias en la composición genética de las poblaciones. Como el proceso de evolución humana es el fundamento por el cual se adquiere y se acumula la variación genómica, podrían estudiarse eventos demográficos pasados que expliquen la historia de poblaciones actuales. Además, las diferencias en las frecuencias alélicas entre grupos y subgrupos étnicos, junto con las mezclas poblacionales, pueden generar subestructura poblacional. Evaluarla es un tema importante no sólo para estudiar la historia poblacional, sino también para estudiar trastornos genéticos complejos. Esta tesis describe la variabilidad genética en SNPs y STRs de cromosoma Y, datos de exoma, y secuencias de genomas completos. Por otro lado, recientemente se ha postulado la existencia de diferentes patrones de estratificación poblacional en variantes comunes y raras, sugiriendo subestructuras específicas que pueden ser de interés para comprender tanto acontecimientos históricos como datos epidemiológicos que hayan podido pasar desapercibidos hasta ahora. En consecuencia, esta tesis presenta dos objetivos globales: I) inferir la estructura genética de las poblaciones humanas modernas, teniendo en cuenta la distribución diferencial de la diversidad genética entre los grupos, así como su distribución entre subpoblaciones dentro de poblaciones definidas, centrándose en las regiones del Medio Oriente, África del Norte, Europa y América del Sur; II) hacer frente a los desafíos de la implementación de nuevos enfoques que puedan evaluar la existencia de diferentes patrones de estratificación para las variantes genéticas comunes y raras, así como analizar el efecto que las variantes de baja frecuencia puedan tener sobre la subestructura genética total. Esta tesis consta de diez estudios que tratan la genética de poblaciones y la aplicación de nuevos enfoques para el análisis de la subestructura poblacional. Palabras clave: Genética de Poblaciones, Exoma, Cromosoma Y, SNPs y STRs, variantes raras.