Polycystin 1, pkdgnosys and 3d design

Resumo

La Poliquistosis Renal Autosómica Dominante (ADPKD de sus siglas en inglés) es una de las enfermedades monogénicas hereditarias más frecuentes. PKD1 es un gen complejo con una longitud de 50 kb.aprox.distribuidos en i46 exons. La proteína que codifica (poliquistina 1) contiene dominios transmembrana, extra e intra-celulares. Para el estudio del gen PKD1 y la proteína que codifica se han desarrollado una serie de programas de ordenador. El primer paso fue el desarrollo de un programa en PERL -BioPERL con el fin de automatizar el análisis de las secuencias del gen PKD1 obtenidas a partir de individuos afectos de ADPKD, y para anotar cualquier cambio encontrado en la secuencia del gen. El segundo paso fue la integración de la información obtenida en una base de datos relacional. Mediante el uso de estos programas se ha podido anotar un total de 384 cambios nucleotídicos distintos. También se han podido identificar nuevas variantes de secuencia. Para un mejor entendimiento de la función de la proteína poliquistina 1 se han empleado métodos para la predicción de la estructura terciaria de la proteína. Debido a la complejidad de la poliquistinta 1 (36 dominios diferentes), se modeló la proteína empleando métodos de "ab initio", sugiriendose al menos dos funciones diferentes para la poquistina 1 a partir de las estructuras obtenidas. Se ha sugerido que la región extracelular podría jugar un papel en fenómenos de adhesión celular. Esta afirmación se soporta en la estructura obtenida para los dominios PKD, los cuales parecen estar organizados en "7-bladed beta-propellers", estructura que ha sido descrita en varias proteínas con función conocida en adhesión/unión celular. Para los dominios transmembrana se ha descrito una homología con proteínas que forman canales catiónicos lo que ha llevado a sugerir que la poliquistina 1 podría formar parte de un canal catiónico no específico multimérico.