Evolución de elementos móviles de tipo retrovirallos casos del retrotransposón blood en el complejo melanogaster de Drosophila y del retrovirus endógeno ERV9 en humanos

Resumo

El presente trabajo trata de incrementar los conocimientos actuales sobre la dinámica evolutiva de los elementos móviles de tipo retrovial (ampliamente distribuidos en todos los eucariotas), centrándose en el estudio del retrotransposón blod en el complejo melanogaster de Drosophila y del retrovirus endógeno ERV9 en humanos. El análisis de la evolución de blod comienza con su detección, tanto mediante PCR como mediante hibridación, en todas las especies del subgrupo melanogaster excepto D. orena y D. erecta, siendo su modo más probable de evolución la transmisión vertical desde el ancestro del subgrupo y su pérdida en el linaje que conduce a estas dos especies. Empleando tanto PCR y clonación como búsqueda de secuencias en las bases de datos del GenBank, muestreamos parte de la región reguladora de diversas inserciones de blod a partir de las cuatro especies del complejo melanogaster. El análisis filogenético de estos elementos reveló que podían ser divididos en dos subfamilias, presentes en el ancestro del complejo. La principal característica distintiva de las dos subfamilias es la ausencia de dos pequeñas pautas de lectura abiertas en una de ellas que están presentes tanto en la otra subfamilia como en los retrotransposones más próximos: mdg1, 412 y Stalker. Diversos indicios sugieren que la subfamilia que carece de estas pautas de lectura abiertas es la más activa, al menos en D. melanogaster, donde ha sufrido un proceso de expansión. El estudio del retrovirus endógeno ERV9 comenzó con la identificación de 156 inserciones en el genoma humano mediante la búsqueda de secuencias similares a las primeras 676 bp de la larga repetición terminal de ERV9 en la base de datos Genbank. Estos elementos fueron agrupados en 14 subfamilias basados en diversas diferencias nucleotídicas características. La edad de cada subfamilia fue estimada de forma aproximada mediante la divergencia promedio ent